生物柴油和生物燃料油是不相同的，因为生物柴油和生物燃料油本身就是两种不同的物质。生物柴油指的是以油料作物、野生油料植物和工程微藻等水生植物油脂以及动物油脂、餐饮垃圾油等为原料油，通过酯交换工艺制成的可代替石化柴油的再生性柴油燃料。
      由此可见，生物柴油是生物质能的一种，它是生物质利用热裂解等技术获得的，不但成分复杂而且还有很高的含氧量。而生物燃料是指由生物质组成或萃取的固体、液体或气体燃料，也能替代由石油制取的汽油和柴油。由于它是可再生能源开发利用的重要方向，因此具有良好的可贮藏性和可运输性。
      上述局势生物柴油和生物燃料油的区别和连续，所用的原料不同、工艺不同，因此生产设备自然也存在差异性。